poniedziałek, marca 24, 2008

Rebelling

Ich bin dagegen, denn ihr seid dafür
Ich bin dagegen, ich bin nicht so wie ihr
Ich bin dagegen, egal, worum es geht
Ich bin dagegen, weil ihr nichts davon versteht

Ich bin dagegen, ich sag es noch einmal
Ich bin dagegen, warum ist doch egal
Ich bin dagegen, auch wenn es euch nicht schmeckt
Ich nenn es Freiheit, ihr nennt es Mangel an Respekt

~ Rebell, Die Ärzte

No i znów mnie dopadło. Nie wiem czemu, ale od paru lat, kiedy przychodzą jakieś święta niezależnie od ich charakteru mnie się włącza opcja "mam wszystko w domyśle". To chyba przez takie przesycenie tym wszystkim. Co roku to samo - brak niespodzianek, brak urozmaiceń, słowem nuda. Tak sobie pomyślałem, że zamiast wpadać głębiej w ten grinchowaty nastrój zajmę się czymś. Oddałem się nieco kontemplacji dzieł o gotyckim klimacie(Burton, Gorey). Odwiedziłem jedno z moich ulubionych miejsc z cyfrową sztuką w internecie. Natrafiłem też na stronę pewnej moim zdaniem bardzo utalentowanej artyski, której prace bardzo przypadły mi do gustu.

Mówiąc krótko - zachłysnąłem inspiracjami i znów coś rysuję. Tym razem będzie z tym nieco więcej pracy (100x70 cm).
Autor: o Brak komentarzy:

czwartek, marca 20, 2008

Molecule puzzles

I have the bad habit to gain skills and then lose them again, because I forgot to make me some notes. Few days ago I stumbled upon Felix's post about SMILES. I couldn't stop myself from commenting it and by the way refreshing my memory. So... before I'll forget once again how to superimpose molecules with OpenBabel I'll write a short tutorial here. All we need are:
  • OpenBabel for Linux
  • Pymol (for visualization)
  • Cup of coffee (you could do it without it, but it's just not the same thing)
Now we need some molecules to work with. Hmmm... I know - how about some drugs? ]:) Just save the following files on your disk in a empty folder called drugs.

amphetamine.mol (Toggle Plain Text) 

Amphetamine
OpenBabel03200812553D

23 23  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
  -1.9463    5.1372   -0.0024 N   0  0  0  0  0
  -6.8821    4.9631   -0.4940 C   0  0  0  0  0
  -5.7209    4.3409   -0.0463 C   0  0  0  0  0
  -5.8016    3.0620    0.5027 C   0  0  0  0  0
  -7.0266    2.4098    0.5929 C   0  0  0  0  0
  -8.1818    3.0351    0.1375 C   0  0  0  0  0
  -8.1087    4.3132   -0.4052 C   0  0  0  0  0
  -4.3953    5.1018   -0.1532 C   0  0  0  0  0
  -3.1038    4.2371    0.0129 C   0  0  0  0  0
  -2.9321    3.2306   -1.1605 C   0  0  0  0  0
  -6.8346    5.8835   -0.8820 H   0  0  0  0  0
  -4.9730    2.6105    0.8338 H   0  0  0  0  0
  -7.0765    1.4913    0.9852 H   0  0  0  0  0
  -9.0632    2.5669    0.2001 H   0  0  0  0  0
  -8.9386    4.7655   -0.7319 H   0  0  0  0  0
  -4.3614    5.5351   -1.0538 H   0  0  0  0  0
  -4.3871    5.8061    0.5566 H   0  0  0  0  0
  -3.1296    3.7039    0.9743 H   0  0  0  0  0
  -1.0791    4.5924    0.0995 H   0  0  0  0  0
  -2.0287    5.8241    0.7599 H   0  0  0  0  0
  -2.0985    2.6958   -1.0222 H   0  0  0  0  0
  -2.8666    3.7319   -2.0233 H   0  0  0  0  0
  -3.7205    2.6162   -1.1913 H   0  0  0  0  0
 1  9  1  0  0  0
 1 19  1  0  0  0
 1 20  1  0  0  0
 2  3  1  0  0  0
 2 11  1  0  0  0
 7  2  2  0  0  0
 3  4  2  0  0  0
 8  3  1  0  0  0
 4  5  1  0  0  0
 4 12  1  0  0  0
 5  6  2  0  0  0
 5 13  1  0  0  0
 6  7  1  0  0  0
 6 14  1  0  0  0
 7 15  1  0  0  0
 8 16  1  0  0  0
 8 17  1  0  0  0
 9  8  1  0  0  0
 9 18  1  0  0  0
10  9  1  0  0  0
10 21  1  0  0  0
10 22  1  0  0  0
10 23  1  0  0  0
M  END
MDMA.mol (Toggle Plain Text) 
MDMA
 ChemPy            3D                             0

29 30  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000
  -0.4580    3.4318   -0.0340 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -6.3305    2.0552   -0.9221 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -6.1557    0.6746   -1.1459 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.9418    0.0508   -0.9409 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.8927    0.8684   -0.4973 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.0606    2.2347   -0.2726 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -5.3025    2.8639   -0.4853 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.9092    3.0611    0.2079 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.5646    2.4325   -0.1983 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.7167    3.1531   -0.8771 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -8.3006    1.1993   -1.6224 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.2697    1.2095    0.6628 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -7.3529    0.1183   -1.5770 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -7.6430    2.4094   -1.2065 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.7995   -1.0196   -1.1127 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.9095    0.4139   -0.3250 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -5.4360    3.9361   -0.3110 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.0093    4.0833   -0.2138 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.9551    3.1858    1.3091 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.6390    2.1105   -1.2715 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.8018    4.3475   -0.2372 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.4798    3.9176   -0.6838 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.1377    2.1751   -0.6074 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.5044    3.1428   -1.9579 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -9.1302    0.9825   -0.9309 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -8.6617    1.3210   -2.6557 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.3798    0.6687    0.3142 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.1006    1.4768    1.7148 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.1158    0.5082    0.6338 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
 1 10  1  0  0  0  0
 1 21  1  0  0  0  0
 2  3  2  0  0  0  0
 2  7  1  0  0  0  0
 2 14  1  0  0  0  0
 3  4  1  0  0  0  0
 3 13  1  0  0  0  0
 4  5  2  0  0  0  0
 4 15  1  0  0  0  0
 5  6  1  0  0  0  0
 5 16  1  0  0  0  0
 6  7  2  0  0  0  0
 6  8  1  0  0  0  0
 7 17  1  0  0  0  0
 8  9  1  0  0  0  0
 8 18  1  0  0  0  0
 8 19  1  0  0  0  0
 9  1  1  0  0  0  0
 9 12  1  0  0  0  0
 9 20  1  0  0  0  0
10 22  1  0  0  0  0
10 23  1  0  0  0  0
10 24  1  0  0  0  0
11 14  1  0  0  0  0
11 25  1  0  0  0  0
11 26  1  0  0  0  0
12 27  1  0  0  0  0
12 28  1  0  0  0  0
12 29  1  0  0  0  0
13 11  1  0  0  0  0
M  END
mescaline.mol (Toggle Plain Text) 
Mescaline
 ChemPy            3D                             0

32 32  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000
   2.4594    3.8379   -1.2806 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.9359    0.2906   -0.5320 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.2592   -0.9122    0.1016 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.3214   -1.5509    0.9473 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.9348   -0.9510    1.1379 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.2511    0.2625    0.5094 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.3200    0.8757   -0.3282 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.6478    2.1634   -1.0006 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.0423    2.6435   -0.5853 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.4588   -0.8900   -0.8094 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.8075   -3.8572    0.8750 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.6631   -1.7053    3.2582 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.6525   -2.6819    1.6732 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.9404   -1.5704    1.8631 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.4622   -1.5724   -0.0557 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.6590    0.7913   -1.1915 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.2420    0.7083    0.6776 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.1160    2.9416   -0.7347 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.6115    2.0242   -2.1145 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.7889    1.8339   -0.8293 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.0455    2.7701    0.5384 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.3254    4.1712   -0.9069 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.7696    4.5589   -1.2057 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.3450   -1.5709   -0.7409 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.1344   -0.7716   -1.8718 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.6893    0.1042   -0.3560 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.0613   -4.6489    1.6231 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.1473   -4.0975    0.3489 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.6380   -3.7213    0.1407 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.5558   -2.2549    3.6488 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.7279   -2.2929    3.4220 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.5805   -0.6968    3.7307 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
 1 22  1  6  0  0  0
 1 23  1  1  0  0  0
 2  3  2  0  0  0  0
 2  7  1  0  0  0  0
 2 16  1  6  0  0  0
 3  4  1  1  0  0  0
 3 15  1  0  0  0  0
 4  5  2  0  0  0  0
 4 13  1  1  0  0  0
 5  6  1  6  0  0  0
 5 14  1  1  0  0  0
 6  7  2  0  0  0  0
 6 17  1  0  0  0  0
 7  8  1  6  0  0  0
 8  9  1  6  0  0  0
 8 18  1  1  0  0  0
 8 19  1  0  0  0  0
 9  1  1  6  0  0  0
 9 20  1  0  0  0  0
 9 21  1  0  0  0  0
10 24  1  0  0  0  0
10 25  1  6  0  0  0
10 26  1  0  0  0  0
11 27  1  1  0  0  0
11 28  1  6  0  0  0
11 29  1  6  0  0  0
12 30  1  0  0  0  0
12 31  1  0  0  0  0
12 32  1  0  0  0  0
13 11  1  6  0  0  0
14 12  1  1  0  0  0
15 10  1  6  0  0  0
M  END
Ok. The first thing that should be done is to join all molecules into a single file, but separating the molecule records. The SDF file format serve the best in this case.
[lightnir@developer drugs]$ ls
MDMA.mol amphetamine.mol mescaline.mol
[lightnir@developer drugs]$ babel -imol *.mol -osdf drugs.join.sdf
3 molecules converted
51 audit log messages
[lightnir@developer drugs]$

Now let us load that file into Pymol and have a look at it.

At the first look it seems like there is only the methylenedioxymethamphetamine molecule, but if we look closer at the file structure (press the sequence button at the right bottom of the viewer window) we can see there are our 3 molecules. To display all of them run this command in PyMol:
PYMOL> set state,0
It should look like this (I've changed the color scheme for every molecule for a better contrast)
Now it's time to superimpose these molecules. As you can see these compounds are derivatives of phenethylamine, so let's fit them using this fragment. It's easy to do since the SMARTS representation of phenethylamine is simply c1ccccc1CCN. Let's use amphetamine as the molecule to witch the others are aligned.
[lightnir@developer drugs]$ obfit 'c1ccccc1CCN' amphetamine.mol drugs.join.sdf > drugs.fit.sdf
RMSD: 0.161607
RMSD: 0.000000
RMSD: 0.147656
==============================
*** Open Babel Warning in ReadMolecule
WARNING: Problems reading a MDL file
Cannot read title line

[lightnir@developer drugs]$
You can see now two things. First, you have to redirect the obfit output from standard output to a file. And second, by looking at the RMSD values you can tell how good the models fit on the aligned molecule (amphetamine). The smaller the value the better they fit. Obviously amphetamine fits on amphetamine perfectly(RMSD: 0.000000). Looking at drugs.fit.sdf in Pymol we should now see the desired effect.

The above example was rather simple. Here's a more complicated one:

[lightnir@developer fitting]$ obfit '[$(*CCC(=O)O);$(*~*[CH3]);$(*********[$(*CCC(=O)O);$(*~*[CH3])])]' cpg3.mol pharm.sdf > pharm.fit.sdf

On the image you can see the coproporphyrinogen III molecule (green carbons) and a pharmacophore(cyan carbons) of the coproporphyrinogen III oxidase fitted on it. The SMART string used for superimposing the molecules describes carbons with neighbor propionic acid group and neighbor atom connected to a methyl group. Piece of cake ]:)

Uff... After all those phenethylamines let's relax by some "ambient" music.
Autor: o 6 komentarzy:
Etykiety: , , , ,

niedziela, marca 16, 2008

Sin City Gimping

W ubiegłym tygodniu miałem nieco więcej czasu dla siebie tak więc wieczory spędzałem na oglądaniu filmów. Jednym z nich był "Sin City". Wielokrotnie przeglądałem ten komiks i miałem w planie kiedyś zobaczyć sobie film, ale jakoś nie nadarzyła się ku temu sposobność. Do ubiegłego tygodnia. Charakterystyczny styl miasta grzechu tak mną zawładnął, że postanowiłem swoich sił w Gimpie(po przeczytaniu całej masy tutków ofkors). A oto moje wypociny:
Kolega Phosphoros z I roku Chemii
Tego kotka nie trzeba przedstawiać ]:)
Autor: o 6 komentarzy:
Etykiety:

sobota, marca 08, 2008

Squirrel tower

Zrobiło się cieplej i mnie wyrwało na wypad rowerem. Jak widać na zdjęciu owo enigmatyczne miejsce w które się wybrałem ma swój urok. Lubię tam jeździć, by oczyścić myśli. Gdzieś schowana w lesie leży ta moja ulubiona polana przy której stoją sypiące się piece wapienne. Same piece nie są tutaj niczym dziwnym - można je spotkać na każdym kroku, nawet w herbie miasta. To miejsce ma dla mnie specyficzny odprężający klimat. Leży jak gdyby na skraju dwóch światów. Wchodząc na polanę ma się wrażenie, że natura "odbiła" sobie to miejsce od człowieka tworząc czyniąc je niedostępne. Ale wystarczy wyjść z polany, a naszym oczom ukaże się widok na panoramę miasteczka i odnosimy wrażenie, że cywilizacja jest na wyciągnięcie ręki. Ale to tylko wrażenie... Ostatnio gdy tam byłem minęła mnie o 20m sarna. Kiedy teraz tam byłem natknąłem się na tego oto mieszkańca pieca:
Nie wiem czemu, ale jakoś mi się skojarzyła nazwa "Wieża Wiewiórki". Być może za sprawą pewnej powieści Sapkowskiego... ]:) W każdym razie po 30 minutach biegania wkoło pieca z aparatem w ręku jak ostatni idiota co pierwszy raz widzi na oczy takiego rudzielca stężenie endorfin w moim organizmie osiągnęło tak wysoki poziom, że do tej pory czuję ich pobudzający wpływ. Nie ma to jak obudzić w sobie instynkt łowiecki. Może nie miałem łuku, ale wróciłem do domu z ustrzeloną nieco inną zwierzyną... Swoją drogą ciekaw jestem jak smakuje smażona wiewiórka podana w sosie z borówek.
Autor: o 1 komentarz:
Etykiety:

niedziela, marca 02, 2008

Looping debris

Za oknem chmury poganiane wichrem pędzą przesłaniając gwieździste niebo. W zalanym półmrokiem pokoju leżę wsłuchany w zapodaną przez amaroka melodię szczątek i spoglądając na sufit patrzę jak moje myśli po nim biegną. Postawiłem serwer SSH i skonfigurowałem domowy ruter by przekierowywał port 22 na mojego pingwina. Zaprojektowałem grafikę na materiały konferencyjne. Plakat reklamujący sympozjum jest w połowie gotowy. Rozesłałem parę maili. Słowem - dziś nie próżnowałem. A jednak nie opuszcza mnie uczucie, że robię za mało niż bym faktycznie mógł. Za dużo z przymusu, za mało z własnej chęci. Chęć - to jest właściwe słowo jakiego mi brak. Od tygodnia leży na mojej podłodze czarny arkusz formatu A0 i czeka na pokrycie pastelem. Szkice leżą obok. Chęci brak. Cichy szelest kropel nut kapiących z sufitowych stalaktytów, uderzających w ukrytą za ciemną mgłą podłogę nie robi na zwiniętym w kłębek kocie wrażenia. Jego mruczenie to odrębna melodia. Taka na parę skrzypiec grana Molto Lento. Skąd niektórzy ludzie biorą tą siłę i optymizm? Mnie się glukoza w proszku skończyła tygodnie temu. Kawa już nie pobudza jak kiedyś (nawet ta z cukrem i mlekiem). Generalnie to wstaję z rana i mówię sobie dziś zrobię to i to, ale jak przychodzi co do czego to brak mi sił albo zwyczajnie mi się nie chce. Zupełnie tak jakbym wziął pigułki Murti-Binga. Jak ja nie znoszę tego wszechobecnego, przesiąkającego uczucia nienasycenia połączonego z obojętnością zmiany statusu quo. Ach... Przynajmniej udało mi się stworzyć ten mini-pejzaż. Zawsze to coś...
Autor: o 3 komentarze:
Etykiety:
Subskrybuj: Posty (Atom)