tag:blogger.com,1999:blog-222607262012-01-20T00:20:06.122+01:00świat widziany oczami chemikaLightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.comBlogger2621100tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-48022868077052515122012-01-20T00:20:00.000+01:002012-01-20T00:20:06.131+01:00

Jakieś dwa tygodnie temu miałem pewien pomysł jak zutylizować jeden z serwerów, którym zarządzam docelowo rozszerzając usługę DHCP na trzy podsieci. Tak się składa, że maszyna posiada 4 porty gigabitowe i działa na Linuksie, więc nie powinno być problemów. Wymyśliłem sobie, że podepnę serwer do switcha w następujący sposób: Położyłem kable, podpiąłem wszystko i zadowolony z siebie odpaliłem

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-66212173990876472192011-11-15T00:04:00.001+01:002012-01-19T21:31:22.473+01:00

Jak wspomniałem w poprzedniej notatce ostatnimi dniami dla relaksu tworzę różne rzeczy w myśl hasła "do it yourself". Korzystając z okazji, że moja dziewczyna wyjechała na kilka dni postanowiłem jej zrobić małą niespodziankę na naszą drugą rocznicę. Zrobiłem taki oto naszyjnik z drutu jubilerskiego i koralików: Taki prezent od chemika dla chemiczki. "Nie-chemikom" już tłumaczę. Jest to model

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-33693528835837890982011-11-07T20:39:00.000+01:002011-11-07T20:39:39.629+01:00

Jesień zawitała do nas na dobre, a wraz z nią chłodne wieczory. W ostatnich miesiącach zaniedbałem nieco prowadzenie mego bloga, więc postaram się przeznaczyć wieczorny czas wolny na napisanie tutaj kilku (w miarę możliwości zwięzłych) notatek o tym co ostatnio chodzi mi po głowie. Zacznę może od tego co wychodzi mi najlepiej... narzekania. Rozpoczął się nowy semestr akademicki, a wraz z nim

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-65572074411403308682011-09-16T00:03:00.000+02:002011-09-16T00:03:27.630+02:00

Załóżmy, że posiadamy własną sieć (np. 192.168.0.0/24) w której działają między innymi bezprzewodowe rutery oparte o Tomato pełniące funkcję punktów dostępowych z których chcielibyśmy zbierać logi centralnie na jednej maszynie za pomocą syslog-ng. Maszyna na której zbierane będą logi posiada adres IP 192.168.0.50, a rutery adresy odpowiednio 192.168.0.1-15. Oto krótki przepis jak to zrobić.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-50001719252857112322011-07-17T20:15:00.008+02:002011-07-17T21:38:06.743+02:00

Wraz z dziewczyną postanowiliśmy kupić sobie rowery na lato. Sylwia kupiła sobie rower miejski, a ja górski rekreacyjny. Częściowo nasza decyzja wynikała z chęci aktywnego spędzenia lata, a częściowo z stanu dróg w Gdańsku. Dla niewtajemniczonych powiem, że remontowana jest teraz linia tramwajowa wzdłuż alei Grunwaldzkiej. Szybciej człowiek dojedzie rowerem niż komunikacją miejską (pomijając

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-43117772537699289952011-06-28T00:22:00.005+02:002011-06-28T01:02:48.710+02:00

Od wczoraj pod chochlika mam podpiętą kamerkę internetową. Jak się dziś okazało, znalezienie dla niej działających sterowników na Linuksa to najmniejszy problem. Ponieważ mam też kartę telewizyjną (Pinnacle PCTV) dla obu urządzeń tworzone są pliki urządzeń o nazwach /dev/video0 oraz /dev/video1. Wszystko ładnie, tylko że po restarcie systemu raz video0 to karta tv, a raz kamerka internetowa. Całe

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-62118228674186563252011-06-12T18:41:00.007+02:002011-06-12T19:14:20.512+02:00

Niedzielne popołudnie. Za oknem piękna pogoda, a we mnie znów się budzi ochota wysmarowania arkuszy papieru pastelowym pigmentem... Zobaczymy co z tego wyjdzie. Z braku laku (czasu zresztą też) prezentuję trochę starszą pracę.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-22147793080649010152011-05-15T17:48:00.001+02:002011-05-15T17:49:09.155+02:00

Two month ago I was asked to design a cover image for a small polish chemical journal - LAB. If I may quote the editor: Please prepare something attractive, i.e. the molecule should be very colourful and elaborate. As I like to play with graphics, especially when its chemistry related, I'd accepted the offer. I thought for some time what molecule should I use for the cover, when a colleague

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-85868183832670988202011-04-20T23:47:00.015+02:002011-05-06T02:47:36.639+02:00

Ta notka leżała u mnie dłuższy czas w szkicach roboczych. Wreszcie znalazłem czas by ją ukończyć. Od dwóch miesięcy mam nowy telefon, a dokładniej to smartfon HTC Wildfire. Jestem po prostu oczarowany możliwościami jakie daje otwarta architektura jaką jest Android. Najpierw trochę czasu mi zajęło oswojenie się z interfacem dotykowym, a następnie zaczęły się zabawy z testowaniem miliona

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-71270172554176137962011-03-19T11:26:00.000+01:002011-03-19T11:26:10.665+01:00

Otwieram okno terminala i zaczynam pisać. $ whoami lightnir Palce suną po klawiszach, wydając dźwięk niczym stado szczurów przegryzających się przez ścianę. Cisza. Przestały gryźć tynk? Westchnięcie nasączone spora nutą frustracji. "Znowu nie działa". Łyk kawy, po czym otwieram kolejny terminal. Czas rozpocząć małą podróż po kablach miedziowych kategorii 5e. Szczury znów gryzą tynk, a pytanie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-1127918578725053222011-01-31T11:29:00.005+01:002011-02-02T16:08:51.794+01:00

Lately I had to do some visualizations of molecules after MD written in multirecord PDB files, each file containing MD frames for a different molecule. Loading it and preparing the conformations was no big deal - I just split every conformation into different object. split_states D1_wszystko The command above will generate new objects called D1_wszystko_0001, D1_wszystko_0002, D1_wszystko_0003

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-82348465386210749852010-12-31T11:08:00.002+01:002011-01-01T23:53:23.076+01:00

Gdzie można spędzić ostatni dzień roku? Oczywiście w pociągu osobowym, gdzieś w szczerym polu między Gdańskiem, a Bydgoszczem... A zachciało się spędzać Sylwestra z Ukochaną w Toruniu. Dzięki PKP! W nowym roku życzę lepszych torów.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-50169928187774015362010-11-21T14:32:00.010+01:002010-11-22T23:23:17.703+01:00

"Chemia naszą potęgą" - pod takim hasłem odbyła się XXXIII Ogólnopolska Szkoła Chemii organizowana z ramienia ASSChem przez NKCH UG. Tym razem inwazja chemików z całej Polski uderzyła w po sezonowo opuszczoną Jastrzębią Górę. Ja jako stary "ASSChemowicz" (w końcu to była szósta Szkoła jaką zaliczyłem), miałem tym razem przyjemność brać w niej udział w dwojaki sposób - jako uczestnik i jako

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-70228453620887407782010-10-25T22:10:00.005+02:002010-10-25T23:03:48.426+02:00

Gdyby ktoś się zastanawiał czy już zarzuciłem blogowanie to od razu dementuję wszystkie plotki. Po prostu przez ostatni miesiąc działo się tak wiele, że z pracą już nie wyrabiam. A ponieważ czasu mam mało nie zamierzam się teraz specjalnie rozpisywać. W skrócie popijając lampkę wina przedstawię co się działo, a o czym nie miałem czasu napisać. Przede wszystkim stuknął mi kolejny rok (wszystkim,

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-46489381219941634232010-09-13T23:12:00.006+02:002010-09-14T00:19:25.797+02:00

W ubiegłą niedzielę wybraliśmy się wraz z dziewczyną na zakupy do centrum handlowego na Chełmie. Tak się złożyło, mieliśmy przesiadkę w centrum miasta. Wysiadam z tramwaju i z przyzwyczajenia patrzę kiedy jedzie następny, a tu moim oczom ukazuje się taki oto obraz: Momentalnie zdębiałem z wrażenia. Całe szczęście nie na długo - zdążyłem jeszcze ustrzelić tą jedną fotkę komórką. Co prawda

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-60404399342362648582010-08-17T09:42:00.005+02:002010-08-17T13:57:40.663+02:00

W ubiegłym tygodniu wybrałem się wraz z znajomymi na jednodniowy spływ kajakiem Wdą. Jak na mój pierwszy kontakt z taką formą rekreacji bardzo mi się podobało (mimo, że przez dwa dni miałem zakwasy). Wyruszyliśmy z wsi Lipusz, a dopłynęliśmy do jeziora Radolne. W sumie 18,8 km wiosłowania. Wda jest naprawdę piękna. Początkowo nurt jest szybszy, koryto węższe, a po drodze pełno przeszkód.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-7306864205645818252010-07-18T00:23:00.003+02:002010-07-18T22:36:37.483+02:00

Mój zapał nad nową zabawką strasznie się ostudził po ostatnim miesiącu eksperymentowania. Oto kilka powodów dlaczego tak się stało: Urządzenie działa niestabilnie. Z reguły po kilku/kilkunastu minutach się zawiesza. Nie można wyłączyć przyciskiem power - pomaga tylko hard reset. Do przycisku reset trudno się dostać bez odpowiednio cienkiego kawałka druta lub wykałaczki... Ponieważ jest to Windows

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-14595660998930043322010-06-13T23:39:00.003+02:002010-06-14T01:25:50.307+02:00

Tak wygląda moja nowa zabawka, która w całkiem dziwnych okolicznościach znalazła się w moich rękach: Jak wyczytałem po sieci takich chińskich netbooków pojawiło się u nas na rynku całkiem sporo. Nie jest to co prawda tak bardzo powalający sprzęt jak np. Asus Eee PC, ale można się nim pobawić. A osoby które mnie znają wiedzą, że lubię takie zabawy ];) Tak dla dociekliwych podaję specyfikację

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-33318402907313406462010-05-31T14:53:00.008+02:002010-06-03T00:52:29.000+02:00

Sometimes when I cant sleep from too much coffee I get this really strange ideas... Coffee is important (at least for us computer guys), but did you ever wondered how much? Lately this thought didn't let me go. If programmers drink that much coffee, as I do maybe they write also some comments about it in their code. So I asked myself - how often the word coffee occurs in the Linux kernel source

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-76491366746640354212010-04-22T21:29:00.009+02:002010-04-22T22:34:43.894+02:00

Przez większą część mojego życia żyłem w przekonaniu, że nie potrafię gotować. Odkąd teraz gotuję dla siebie zaczyna mi to sprawiać przyjemność, chociaż ciągle moje zdolności kulinarne są raczej marne. Jest tylko jeden wyjątek od tej reguły - podobno robię rewelacyjne sushi. No cóż, ja po prostu wkładam dużo serca w sposób przyrządzania sushi. Najczęściej robię futo-maki, ale i ura-maki też mi

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-35412582669212426652010-04-06T22:55:00.003+02:002010-04-06T23:02:15.688+02:00

Na święta Wielkanoce przyjechałem do rodziny na Opolszczyznę. Czekając we Wrzeszczu na pociąg z nudów czytałem zapiski na ścianach dworca. Wśród nich jest takie oto: Jak tu nie kochać Polskiej Kolei Państwowej? Za kilka dni wracam do Trójmiasta. Obym i ja nie zostawił po sobie takich zapisków...

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-8425880577978988302010-03-25T19:11:00.003+01:002010-03-25T22:48:38.458+01:00

Tak dawno nic nie pisałem, że zaczynam się zastanawiać jak to się robiło... Hmm. To może zacznę od ponarzekania sobie. Uff! To był wyjątkowo męczący i stresujący miesiąc. A wszystko za sprawą tego przeklętego laptopa. Psuł się akurat wtedy kiedy była mi najbardziej potrzebna mobilność. Trzy razy się psuło się to samo - karta graficzna - więc poszedłem z reklamacją sprzętu żądając zwrotu gotówki.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-41144519768728351052010-01-21T02:16:00.006+01:002010-01-21T03:31:56.559+01:00

Wow. Ten film animowany mnie po prostu oczarował. Co mam tu na myśli? Oczywiście tytułowy "Sita Sings the Blues" autorstwa Niny Paley. Po pierwsze mamy tu ciekawie animowaną Ramajanę, czyli indyjski epos o dziejach Ramy (siódme wcielenie boga Wisznu) i jego żony Sity. Po drugie jest to nowożytna, autobiograficzna opowieść o rozpadzie związku stawiająca istotne pytanie - "dlaczego?". Po trzecie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-7440938578563479752010-01-14T23:34:00.003+01:002010-01-15T01:36:31.527+01:00

Nie lubię chodzić do stomatologa, no bo w końcu kto lubi? Ba, można powiedzieć, że mam taką fobię do tego typu wizyt. Zapewne wzięło mi się to po traumatycznym wyrywaniu zęba mlecznego przez lekarza, który ewidentnie minął się z zawodem (facet mógł zostać całkiem niezłym rzeźnikiem, a poszedł na medycynę). Jak zaraz po komunie wyglądała służba zdrowia to każdy chyba wie. Człowiek się cieszył, że

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-8088312090506731382009-12-11T00:19:00.008+01:002009-12-11T00:46:29.492+01:00

Sam nie wiem jak to się stało, że całe dwa miesiące nic nie pisałem. Najwidoczniej podczas drogi na uczelnię nie przejechał mnie autobus skoro teraz piszę te słowa ]:) Brak nowych wpisów mogę w zasadzie zwalić tylko na 3 rzeczy: zepsuł mi się laptop byłem zawalony pracą mam dziewczynę O ile punkty 1 i 2 nie są usprawiedliwieniami, o tyle moja dziewczyna aktualnie zabiera większą część mojego

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-1601746642305006352009-09-08T04:30:00.002+02:002009-09-08T04:30:00.319+02:00

Było o GPRS przez USB, a teraz czas zabawić się znów Bluetooth'em. Konkretnie to profilem DUN. W tym celu potrzebny będzie włączony protokół rfcomm (ot, taki sobie emulowany port szeregowy, tylko że bezprzewodowy). Zakładam, że BT już zostało skonfigurowane i urządzenia zostały sparowane. Teraz przyda się polecenie sdptool wchodzące w skład pakietu bluez. # sdptool search DUN Inquiring ...

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-17975327805798392782009-09-05T18:00:00.002+02:002009-09-05T18:00:02.496+02:00

Jak już się bawię tym moim telefonem pod pingwinem to opiszę jeszcze jak można z niego korzystać jako modemu zarówno pod USB, jak i pod Bluetooth. Osobiście uważam to za dość przydatną funkcję, bo już parę razy zdarzyło mi się, że byłem gdzieś głęboko w sercu borneańskiej dżungli i musiałem nagle wysłać kilka ważnych maili, albo zrobić przelew. Przejdźmy jednak do konkretów. Podpięcie SE k550 za

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-86950235579523350162009-09-01T22:11:00.024+02:002009-09-02T21:26:27.972+02:00

ᚼᛒ Czy powyższe dwie runy (Haglaz i Berkanan) są komuś znajome? W takim zapisie pewnie mało kto je widział na oczy. Wspomniane runy można jednak zapisać w formie runy łączonej, którą niejeden wielokrotnie widział w sklepie multimedialnym i bez problemu rozpoznaje. Chodzi oczywiście o biało-błękitne logo bluetooth. Tak jak Harald I Sinozęby zjednoczył Danię, Szwecję i Norwegię pod jedną koroną,

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-14028958602555977462009-08-30T19:23:00.005+02:002009-08-30T20:10:30.640+02:00

Odnoszę wrażenie jakbym miał swoje najlepsze lata za sobą. Kiedyś nowe pomysły wyciągałem tak po prostu z rękawa. Chodziłem po wodzie. Czasem wzbijałem się w powietrze na czarnych skrzydłach. Przeniosłem górę. Dwa razy. Lewą ręką. W jedną noc potrafiłem z drobną pomocą kofeiny stworzyć cud. Normalnie cud, tylko taki świecki.A teraz co? Chciałbym napisać, że ostatnio też robiłem coś naprawdę cool,

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-74986026201442518702009-07-28T15:48:00.004+02:002010-01-14T22:52:29.183+01:00

Z cyklu: "Rozmowy szalonych naukowców podczas piwa". A: 1040. D: Ida Lotaryńska. L: ? A: Ida Lotaryńska, księżniczka lotaryńska, nota bene błogosławiona, żona hrabiego Boulogne. L: ? D: Uczyliśmy się spektroskopii i żeby zapamiętać pasmo rozciągające C-O dla bezwodników sprawdziliśmy na Wikipedii kto się urodził w 1040r. A: Na egzaminie nam to się średio przydało, ale przynajmniej się

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-62551225919884392752009-07-01T18:04:00.007+02:002009-07-01T23:47:35.943+02:00

Przetrzemy trochę ten kurz. Te pajęczyny też. O proszę! Od razu lepiej. No to teraz znów mogę przez parę tygodni tutaj nic nie pisać... ]:) Prawdę powiedziawszy to ostatnio nie pisałem, bo nie miałem na czym. Laptop mi świrował, więc zaniosłem go do serwisu. Jak się okazało dysk umierał śmiercią naturalną, a grafika po kilku godzinach użytkowania też wykazywała pewne anomalie (monitor urządzał

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-82522846516117944722009-06-09T00:08:00.028+02:002009-06-10T00:06:57.312+02:00

Recently I bought myself a laptop - Acer Aspire 5670 - with a ATI Radeon Mobility x1400 graphic card. Although the open-source drivers radeon and radeonhd worked I was still unsatisfied with their performance. So I had to go the long, stony road of installing ATI's proprietary Catalyst driver. Why long and stony? Because ATI dropped support for my graphic card (I think since Catalyst 9.4). As a

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-6573792240230079152009-06-05T21:58:00.008+02:002009-06-06T02:13:53.129+02:00

Trójka to w wielu kulturach liczba magiczna. Jest liczbą pierwszą, liczbą Fibonacciego, liczbą Fermata oraz liczbą Mersenne'a. Przez wielu starożytnych filozofów poczytywana była za doskonałą. Pitagorejczycy wierzyli w istnienie trzech światów - Niższego, Wyższego, Najwyższego, a uczniowie Sokratesa i Platona wyznawali trzy wielkie zasady: Materię, Ideę, Boga. W wielu religiach bóstwa były

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-55084207279405929612009-05-30T18:29:00.002+02:002009-05-30T18:33:35.880+02:00

Mam takie wrażenie, że trochę tego bloga ostatnio zaniedbuję, więc postaram się to w najbliższym czasie nieco nadrobić. Tym bardziej, że teraz mam już na czym pracować. Jak już tytuł wskazuje kupiłem sobie nowy laptop(no dobrze, nie całkiem nowy, ale w bardzo dobrym stanie) po tym jak mój poprzedni (chochlik) odmówił współpracy. Ponieważ domyślnie miałem zamiar postawić na nim Linuksa szukałem

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-21630999081638419152009-05-16T10:27:00.006+02:002009-05-16T10:42:16.226+02:00

Wczoraj zastrajkowała mi karta graficzna na chochliku, dając empiryczny dowód na poprawność prawa Murphiego. Nie żebym potrzebował teraz pilnie grafiki do zrobienia strony na przedwczoraj, czy coś w ten deseń... Ach, jak ja nie znoszę komputerów.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-56751354429940271402009-05-15T00:35:00.005+02:002009-05-15T01:06:18.778+02:00

Im dłużej jestem w Gdańsku tym bardziej się nim zachwycam. Dziś wracając z imprezy w gronie chemików cudem złapałem ostatni tramwaj wracający do zajezdni. Resztę drogi do domu musiałem sobie przemaszerować. Kocham takie nocne spacery po mieście. Ta gra świateł i cieni oraz opustoszałe ulice mają dla mnie taki trudny do opisania urok. Ot, taka uczta dla zmysłów romantyka. Czasem podczas takich

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-58618964617718106372009-05-10T00:39:00.007+02:002009-05-10T02:24:31.318+02:00

„I ja tam z gośćmi byłem, miód i wino piłem”. Jeszcze dochodzę do siebie po tej imprezie... Jak było? Kto nigdy nie był na "Szkole" organizowanej z ramienia ASSChemu temu na darmo opisywać tą konferencję, a kto był ten zapewne będzie chciał znów pojechać. To trzeba po prostu przeżyć. Te kilka dni w roku są dla mnie zawsze magiczne, a wracam zwykle wyczerpany fizycznie i psychicznie niosąc nowy

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-91068949876779903442009-04-23T10:57:00.003+02:002009-04-23T11:52:09.017+02:00

Paskudna aura. Mokro po deszczu, zimno, a niebo szare. Odkąd wstałem chce mi się spać. Nawet kawa mnie nie obudziła. Mojej kotki pogoda nie rusza - śpi sobie smacznie zwinięta w kłębek. Ja tam próbuję być nieco produktywny, ale coś mi to słabo idzie. Na tą aurę przypomniała mi się pewna piosenka z związkiem chemicznym w tytule(nota bene, jak na chemika przystało to tych piosenek z związkiem

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-86910607246113894112009-04-13T15:36:00.015+02:002009-04-14T15:55:42.478+02:00

Na święta znów przywiało mnie na opolski grunt. Tym razem na trochę dłużej. Ponieważ wybieram się z referatem w języku angielskim na XXX OSCh organizowaną z ramienia ASSChem mam podwójną motywację by podsumować moją dotychczasową pracę badawczą. Święta świętami, ale popracować też bym nad tym trochę chciał. Zabunkrowałem się więc z laptopem na balkonie. Znam na tyle swoją rodzinę, by nie mówić im

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-56192227852509391682009-04-07T21:55:00.004+02:002009-04-07T23:27:52.446+02:00

Nie mierzę czasu w konkretnych jednostkach. Dla mnie jest on jak rzeka. Raz płynie szybciej, a raz wolniej. Chciałem wcześniej znów coś "skrobnąć", ale jakoś ostatnio moją uwagę skupiają inne rzeczy związane z uczelnią. Nawet teraz to się nie zmieniło. Gonią mnie terminy, więc będę się streszczał. Nawiązując do poprzedniego wpisu. Humor mi dopisywał, więc trochę znów naszkicowałem. A ponieważ w

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-7635695035595872002009-03-21T02:47:00.006+01:002009-03-21T04:47:23.117+01:00

Lubię się bawić oprogramowaniem i sprzętem elektronicznym, a pomysłów mam sporo. Z domu przywiozłem sobie pewną sprzętową zabawkę, o której wcześniej nie wspominałem, a która wymaga pewnego wykończenia by działała w 100%. No ale o tym innym razem. Ostatnio piszę tutaj zbyt monotematycznie. Jak nie o zabawach w Linuksie to o zabawach z lutownicą. Co za dużo to niezdrowo, dlatego teraz będzie o

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-5109510367865380742009-03-14T14:33:00.002+01:002009-03-15T21:24:02.379+01:00

Obecny tydzień zrobiłem sobie niejako wolne i odwiedziłem rodzinę. Plan był taki by wypocząć, odwiedzić znajomych i popracować trochę w domowym zaciszu nad pracą badawczą popijając kawę. Plan się rypnął. To człowiek jedzie te 680 km z Gdańska na Opolszczyznę tylko po to by się rozchorować i zdenerwować. Ale może tak po kolei. Przed moim wyjazdem mieliśmy problemy z klimatyzacją w wydziałowej

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-61446875602526660162009-03-01T01:47:00.004+01:002009-03-01T04:42:41.771+01:00

Czasem grywam sobie w grę pamięciową, którą nazwałem UWA(skrót od "utwór, wykonawca, album?"). Jak sama nazwa wskazuje gra polega na podaniu tytułu, wykonawcy i ewentualnie albumu utworu który się właśnie słyszy. Można w to grać w supermarkecie, siedząc przy komputerze, jadąc samochodem, będąc w urzędzie... Im bardziej niespodziewane miejsce i czas, tym trudniej sobie przypomnieć. Z biegiem lat

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-12466473819095782672009-02-18T03:38:00.020+01:002009-02-18T14:12:56.258+01:00

Jeszcze nie napisałem ani jednego zdania, a już wiem, że ten post będzie wyjątkowo długi za sprawą outputów z konsoli. Zaczynam się nie wyrabiać z tempem dokumentowania moich zabaw na Armadzie. Mam zamiar postawić na tym laptopie jakiegoś Linuksa, ale ponieważ system w obecnej konfiguracji jest sprawny postanowiłem użyć trochę "linuksowej czarnej magii" do stworzenia obrazu całego dysku na

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-73777538798272030182009-02-16T20:11:00.013+01:002009-02-18T03:55:01.776+01:00

Nie znoszę poniedziałków. Pewnie dlatego, że w poniedziałek dopada mnie po-niedzielny kac ]:) Ogólnie to chodzę ospały, wyczerpany, a mój mózg działa w trybie "passive thinking". Na domiar złego zaczął się nowy semestr, więc dzisiejszy poniedziałek musiałem przeboleć dwa wykłady na których walczyłem ze snem. Dwie kawy i energy drink zbytnio mi sprawy nie ułatwiły. No dobrze, skoro już sobie po

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-3687631369142972632009-02-14T18:50:00.005+01:002009-02-14T20:51:50.096+01:00

Znów przyszły walentynki. Mnie jednak na amory jakoś specjalnie nie bierze. Może to przez wczorajszą wizytę u stomatologa po której jeszcze odczuwam lekkie mrowienie w żuchwie? W każdym razie jak na komercyjną okazję sieć roi się od propozycji walentynkowych prezentów, dobrych rad na udany wieczór itp. Poszperałem trochę i znalazłem na www.geeksaresexy.net coś co mnie osobiście rozbawiło. Tak

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-74424621726675217102009-02-11T19:12:00.011+01:002009-02-11T22:22:54.285+01:00

Dziś miałem owocny dzień. Ale zacznę może od zdjęcia, które powie więcej niż 1000 słów. Przeprawiłem się przez fosę i stoję przed murami fortecy "Armada". Jak już pisałem w poprzednim poście ostatnio bawię się w reanimację laptopa Compaq Armady 4120. Dziś odlutowałem eeprom z płyty głównej za pomocą lutownicy kupionej w Castroramie. Wydatek chybiony, bo jak się okazało podczas poszukiwania

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-85348474207120838352009-02-10T21:55:00.007+01:002009-02-11T22:23:18.768+01:00

Parę dni temu podczas robienia porządków znajomi znaleźli bardzo stary i dziwny laptop. Cegła to niesłychana, a ponieważ nie wiadomo co to dokładnie jest i czy jest sprawne dali mi do przejrzenia. Takim oto sposobem znalazłem sobie coś do zabawy w chwilach kiedy czekam na wyniki dynamiki molekularnej liczonej na klastrze. Już na pierwszy rzut oka wiedziałem czemu to takie grube jest - laptop był

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-79603122322643647382009-02-05T12:11:00.000+01:002009-02-05T12:11:00.769+01:00

Kurcze, chyba załapałem "syndrom pustego ekranu". Ostatnio pisanie zaawansowanych shell skryptów do obliczeń na klastrze lepiej mi idzie niż napisanie tutaj jakiejkolwiek notki, nie mówiąc o artykule, który zadeklarowałem się napisać. A deadline'y są tuż-tuż. Przydałby się taki cudowny środek w pudełku z napisem "W razie braku motywacji stłuc szybkę".

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-77818836890677202112009-01-31T22:12:00.010+01:002009-02-05T02:04:58.856+01:00

Wspominałem już, że nie znoszę "redhatów"? Mam takie powiedzenie: Red Haty - czerwone szmaty. Zostało mi to chyba po moim pierwszym Linuksie - Red Hat 6.1. W zasadzie to każda dystrybucja bazująca na rpmach zyskała u mnie negatywną opinię (no może za wyjątkiem FC2, ale to było dawno, dawno temu), a miałem ich trochę - RH 6.1, RH 7.0, FC 3, FC4, Aurox 9-10. Z chwilą kiedy trzeba coś upgrade'ować,

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-76227307282422126712008-12-24T04:10:00.029+01:002009-01-18T23:32:34.035+01:00

During the holidays I wanted to try something out that was longer on my mind - remote rendering. At the university I have a pretty plain-desktop machine with Archlinux installed on it. It's not much. Integrated Intel graphic card and 64 bit 2GHz CPU. Nothing unusual, but I was curious how do the limits of the machine look if it comes to render some bigger models. Let's say virus capsids. My

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-80152864988939947502008-12-23T05:17:00.040+01:002008-12-27T02:26:52.267+01:00

Lately I've been neglecting my blog for the sake of my work as a Ph.D. student (programming in Fortran). I'm going to catch up on this. Writing some Fortran code isn't that hard even if you are starting to learn the language from scratch like I do, but definitely it isn't the type of "coding is fun" programming language like Python for example. Speaking of Python, since 3rd of December your

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-80555683512172626762008-12-19T19:04:00.020+01:002008-12-20T18:08:09.090+01:00

- Węsołych świąt! Tymi słowami Diaboł pożegnał się z Śmiertelniczką. Tak szybko jak się zjawił tak szybko też zniknął w mglistej dali. Upojony nie wiadomo czy winem, czy rozmową z bliską osobą maszerował niesiony rytmem melodii2 mając otaczający go świat gdzieś na czubkach swych różek. Nic dziwnego, że nim się obejrzał przemaszerował szmat drogi nie w tym kierunku w którym chciał. Przystanął na

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-29252241664484067492008-11-25T23:10:00.000+01:002008-11-25T23:10:47.764+01:00

Generalnie mój blog to taki notatkowy bigos. Piszę o sobie, o swoich spostrzeżeniach, dzielę się moją skromną twórczością (code&art), czasem piszę o chemii po angielsku (tak dla wytrenowania języka). Ot, takie wszystko przemieszane razem i duszone na małym ogniu. Nic dziwnego, że często lądują tu zagubione dusze. Ale w ostatnich dniach zanotowałem wyjątkowy wzrost "oglądalności". Nie będę ukrywał

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-18889949441018254392008-11-06T00:52:00.007+01:002008-11-19T00:16:59.916+01:00

Dewiacje bywają różne, ja też mam swoje - Linux. Swego czasu wygrałem w konkursie z Dragonii drewniane pudełeczko z Tuxem, które teraz stoi u mnie na biurku w zakładzie modelowania molekularnego. O te: Trzymam w nim sobie herbatę, a od środka to wygląda tak: Tyle odnośnie wprowadzenia. Ostatnio miałem taką rozmowę z moim ulubionym administratorem sieci. Lightnir: Hej. Dzieki za tą kawę.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-13794312467231868182008-10-18T22:22:00.008+02:002008-10-19T13:36:29.357+02:00

Ja to mam szczęście do znajdywania się w nieodpowiednim miejscu w nieodpowiedniej chwili. Dwa tygodnie po tym jak zaszyłem się w tej pomorskiej prowincji okazało się, że linia kolejowa na Hel zostaje wyłączona ze względu na prace remontowe. Nie, żeby dojazd na Wydział zajmował mi ok. 2h czy coś... No, ale okazało się, że uruchomiono zastępczą linię autobusową. Kochacie PKP, bo ja tak? Nic tak nie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-1013377947100116362008-10-07T22:30:00.007+02:002008-10-08T20:12:41.929+02:00

Alkohol poprawił mu humor. "Chodź zagramy w taką grę - bierzesz pierwszą lepszą książkę, otwierasz na setnej stronie i czytasz trzecie zdanie." Sięga po jedną książkę. Potem drugą, trzecią, czwartą... Czytają zdania wyrwane z kontekstu. Jest zabawnie. Wyciąga kolejną książkę. Setna strona jest pusta. Przewraca stronę wstecz. To tomik wierszy. Czyta. Samookreślenie Ja wyłoniony z dziejów jak

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-52714105063434450982008-10-04T15:11:00.005+02:002008-10-04T22:33:27.040+02:00

No właśnie, orzeł wylądował lub jak ja na to mówię - půjychała uopolskou řić na Pômoře (pol. pojechała opolska dupa na Pomorze). Nigdy bym się nie spodziewał, że po XXV OSCh kiedyś znów się zjawię w okolicach zatoki Puckiej. Tak się dziwnie złożyło, że wylądowałem w Mrzezinie - małej wiosce położonej na Kępie Puckiej. Klimat jest tu znośny za wyjątkiem chwil kiedy wieje, czyli przez jakieś 3/4

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-42674939377651265502008-09-17T00:51:00.013+02:002008-09-25T20:48:25.957+02:00

For me is Pymol the number one tool for molecule visualization. Sure, there's a lot of visualization software out there on the net and some of them are quite impressing, but I haven't found one that is so flexible and extensible like Pymol. Basically almost all chemistry visualizations tools are OpenGL applications that squeeze more or less the last pixel from your GFX-card. It's just a matter of

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com7tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-6166502479557437482008-09-16T23:23:00.014+02:002008-09-25T20:31:44.242+02:00

Jakoś mam awersję do pisania i to nie dlatego, że się nic nie dzieje. Wręcz przeciwnie - przez minione tygodnie działo się naprawdę dużo. Aż za dużo jak na mój gust. Między innymi byłem na 51 Zjeździe PTChem i SITPChem. Tym razem nie jako uczestnik konferencji, ale jako pomoc techniczna. Była to dla mnie okazja by odwiedzić moje byłe alma mater. No cóż... Spotkałem tych i owych. Za niektórymi

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-22947744967837891182008-09-04T13:01:00.004+02:002008-09-04T18:23:27.256+02:00

It's been a while since I've started participate in the Folding@Home project and contributed some work units. After this time I admit it's a bit boring since it's a passive work. I don't even see the results of the folding. To feed my eye's hunger for protein folding I've started to lookup the net for some movies or trajectory files. And then I stumbled upon Fold it!. First impression? Wow, it's

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-20457293184232334552008-09-01T01:37:00.010+02:002008-09-02T20:00:42.738+02:00

Nie ma nic gorszego niż piątkowa nuda. W takim wypadku trzeba sobie znaleźć zajęcie, które wymaga nieco wysiłku umysłowego. Dla mnie nadarzyła się ta okazja kiedy zobaczyłem opis znajomego na gadu: Wordpress, o zmoro! Hmm... Ciekawe. Jak do tej pory to słyszałem tylko same dobrze rzeczy na temat WordPressa (pewnie dlatego, że się specjalnie tym nie interesowałem). Jak się okazało mój znajomy

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-1249359318196889452008-08-11T20:41:00.012+02:002008-08-22T18:10:19.247+02:00

Kiedyś wyczytałem w sieci taką metaforę odnośnie linuksa: Używanie linuksa jest jak życie w domu w którym dziennie ściany się przesuwają. Czasem drzwi są w innym miejscu, czasem schody prowadzą gdzie indziej, a czasem człowiek wstaje z łóżka i nie ma podłogi.. Rozwijając dalej tą metaforę ujmę to tak: Dwa dni temu to wstałem z linuksowego łóżka, a że podłogi akurat dziś nie było poleciałem parę

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-86799874333620215162008-08-09T00:19:00.006+02:002008-08-22T19:04:26.358+02:00

Dlaczego tak ciężko przychodzi nam postrzeganie siebie przez pryzmat codziennych dokonań? Sam nie wiem. Dwa dni temu spojrzałem na siebie z innej strony i to co zobaczyłem naprawdę mnie przygnębiło. Nigdy nie sądziłem, że mam problem z jakimś nałogiem, a tu proszę - odkąd powiedziałem sobie "Nie!" mam klasyczne psychologiczne objawy "głodu". Nie będę się nad tym rozpisywał, ale od tej chwili

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-70756618410350586042008-08-02T22:18:00.012+02:002008-08-22T19:00:48.438+02:00

Jak ja nie znoszę tych przyjęć rodzinnych. Zawsze się staram w jakiś sposób z nich wykręcić, ale tym razem się nie dało. Na sześćdziesiątkę nie miałem wytłumaczenia... Jestem klasycznym przykładem antonimu słowa "towarzyski", chociaż nie wiem czemu niektórzy właśnie mnie za takiego uważają (są to z reguły osoby które mnie mało znają). Mam taką swoją strategię zachowawczą na takie okazje - usiąść

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-15833282336465155042008-07-31T23:50:00.004+02:002008-12-09T02:22:41.403+01:00

Dwa dni temu odbyłem sobie "podróż po jeden uśmiech", a dokładnie mówiąc to chodziło o tego smile'a: Powiem tak - nie ma to jak przebyć 1.12 Mm nie śpiąc przy tym przez dwie doby po to by móc sobie posiedzieć na ławeczce w cieniu olchy (to była olcha, tak?) ciesząc się przy tym z życia i pięknej pogody. Taki offtime od dziennej dawki promieniowania monitora dobrze robi. Człowiek się trochę opali

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-24119361045651363972008-07-19T15:12:00.005+02:002008-12-09T02:22:41.908+01:00

Dawno mnie tak ręce nie bolały od wciskania klawiszy klawiatury jak dziś. Całkiem przypadkiem znalazłem grę open source która wprost powaliła mnie na kolana. Dawno nie miałem takiej dziecęcej frajdy podczas grania w jakąś grę komputerową (ostatni raz to chyba było przy partyjce Dungeon Keeper 2). Anyway. Mowa jest o Frets on Fire, całkiem dobrym klonie gier na konsolę Guitar Hero. Gra się

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-65993731515319147172008-07-19T14:59:00.001+02:002008-07-19T15:01:23.288+02:00

Przez ten weekend pobawiłem się trochę moją nową komórką - Sony-Ericssonem K550i. Jedną z jego funkcji jest możliwość odtwarzania filmów wideo w formacie MP4. Tak sobie pomyślałem, że fajnie by było zgrać trochę ulubionych klipów z YouTube na komórkę jako empeczwórki. Pytanie tylko jak albo za pomocą czego? Dodam, że chciałem to zrobić na Linuksie, więc wszystkie konwertery dostępne w takich

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com7tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-67124070050633042752008-07-16T22:26:00.005+02:002008-07-17T00:09:56.127+02:00

Kiedy w ubiegły piątek szedłem przez opolski dworzec pomyślałem "nie tak to sobie wyobrażałem". Nigdy nie jest tak jak to sobie wyobrażamy. Na przykład ja sobie nigdy nie wyobrażałem, że kiedyś pójdę w upalny czerwcowy poranek w czarnym garniturze przez zatłoczone miasto bez ani jednej kropli potu na skórze. Tak dla wyjaśnienia - od dzieciństwa strasznie pocą mi się dłonie. Próbowałem częstego

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-56296606602861155922008-07-15T19:41:00.020+02:002008-07-16T22:25:41.126+02:00

Nazbierało się przez te dwa tygodnie trochę przeżyć, które chciałbym spisać. Zacznę może od samego początku, od tych mniej miłych... Niespodziewana radość tak samo człowieka ogłusza jak nagłe nieszczęście. ~ Charles Dickens Nic nie zapowiadało by ten poranek różnił się od pozostałych. Poprzedni wieczór ciągnął się leniwie jak co dzień, a noc była tak samo ciemna jak zwykle. Wstałem, a właściwie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-27171759026746357942008-07-03T19:50:00.008+02:002008-07-04T16:14:40.471+02:00

Przez ostatni tydzień wydarzyło się naprawdę sporo. No może nie aż tak dużo, ale przynajmniej trochę myśli przewinęło się przez te zakamarki mojego umysłu, w których już kurz i pajęczyny tworzyły naprawdę gęstą, jednorodną masę. Miałem bardzo "życiowe przeżycie" (tylko tak potrafię nazwać te trzy dni pełne szczęścia, po których nastąpił ten jeden czarny, a za nim te szare...) związane z moją

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-18855850005039974142008-06-29T20:48:00.016+02:002008-12-09T02:22:42.577+01:00

It took me more time then I've expected, but finally I've updated my previous script. And here it is. bp_surface.py(Toggle Plain Text) # -*- coding: utf-8 -*- # ------------------------------------------------------------------------------- # bp_surface.py - Binding pocket surface generator for Pymol version 2.0 # -------------------------------------------------------------------------

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-92137343288449001852008-06-15T23:12:00.014+02:002008-12-09T02:22:43.410+01:00

Two weeks ago I had an idea that just couldn't let me go. It all started when was looking at those beautiful binding pocket images of the glucocorticoid receptor back on Felix's blog. Often when I work with Pymol I ask myself how to show the bounded molecule in the binding site in the most interesting way. Usually it's a lot of work involving changing representation modes and hiding residues that

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-81982098704336243302008-06-13T22:30:00.035+02:002008-12-09T02:22:43.427+01:00

Upsidedown ˙ołʎzɔn̗oʞs ǝzɹqop ı oʞqʎzs ǝ̒ɹɐıɯ ʍ ǝ̒ıs oʇ ʎqO ˙˙˙ɥɔ∀ ˙ɾǝıʞsɹǝʇsıƃɐɯ ʎɔɐɹd ɐıuɐsıd sɐzɔpod zɐɹǝʇ ʞɐɾ nsǝɹʇs oƃǝıʞɐʇ ɯǝłɐıɯ ǝıu ʎpƃıu ıɾsǝs sɐzɔpod ˙dʇı ʎuɯǝɹɐp 'ʎʍıuǝ˥ ɯǝʇsǝɾ oʇ ıʞɐɾ 'ɐʍołs ɔ̗ǝzsʎłsn ʎq oʇ od oʞ˥ʎʇ ʎłıs ǝıʞzpn˥ǝıu ɔɐ̒ɾɐ˥ɐʍzʎʍ 'ǝıqǝıs z ǝ̒zpoɥɔʎM ¿ɐɾ ǝẓoɯ oʞ˥ʎʇ ʎzɔ ǝıʍołƃ ɐu ǝɾɐʇs ʇɐıʍs̗ oʇ ʎzɔ 'ɯɐıʍɐuɐʇsɐz ǝ̒ıs oıuʇɐʇsO uʍopǝpısd∩

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-27360044005623117672008-06-09T21:49:00.007+02:002008-12-09T02:22:43.624+01:00

Czasem szwendam się to po tej, to po tamtej szkole. Podczas właśnie takiego jednego wypadu rozwinęła się taka rozmowa z nauczycielką chemii: - Ładny szkielet. - Dzięki. Zgadnij ile kosztował? - 6-7 baniek? - Nie. Kupiłam na allegro za trzy stówy, gdzie normalnie takie pomoce dydaktyczne kosztują tysiąc pięćset. - (rotfl) Jak stoi polska oświata po reformach to raczej wszyscy wiemy. Jak dobrze

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-70099030526172845152008-06-01T11:37:00.010+02:002008-12-09T02:22:44.259+01:00

Całkiem przypadkiem natrafiłem dziś na stronę akcji organizowanej przez twórców mojej ulubionej przeglądarki - Firefox Download Day 2008. A ponieważ jestem takim zagorzałym zwolennikiem open source nie zwlekałem długo zanim się zarejestrowałem. Na stronie projektu jest całkiem ładna mapka pokazująca ile osób z każdego regionu świata dołączyło do projektu. To że w na mapce Polska widnieje jako

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-75990384858782538552008-05-26T14:06:00.008+02:002008-12-09T02:22:44.397+01:00

Ostatnio zapragnąłem znów obejrzeć sobie Teslę. Kocham to słonecznikowe demo za świetne połączenie wizualizacji z ambientową muzyką. Anyway, to właśnie muzyka autorstwa Radixa i Lluvii sprawiła, że jakoś dziwnym trafem wylądowałem na stronie kompilacji demoscenowej muzyki pt. Demovibes. Jeśli ktoś tak jak ja gustuje w muzyce gatunku elektro, ambient, chillout, alternative to polecam składankę.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-87260191901967633952008-05-21T22:02:00.008+02:002008-12-09T02:22:44.555+01:00

Lately I've been showing Phosphoros, a friend of mine, some Pymol features especially the basics of structure modification. I thought I know almost everything about it since there's no much to learn about it, but then he asked me a question I had no answer for. - How do you make this aromatic rings look so like in this indigo molecule you've showed me earlier? The point is that some chemical

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-90657221679220033852008-05-18T16:47:00.013+02:002008-05-21T17:54:33.956+02:00

If you do a lot molecule visualization in Pymol like I do, then after a while you'll probably ask yourself how to cut your working time. For this I wrote myself some scripts for batched molecule rendering. But today I had another idea. The most common animation I do is rotating a molecule along the Y axis. It doesn't matter if it's done by Pymols intern commands or by using the movie.py or

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-29086325299080975942008-05-14T23:04:00.003+02:002008-05-15T00:59:21.136+02:00

Mam dość specyficzne poczucie humoru - czarne. Przykład? A proszę - dyskusja w windzie po dzisiejszym seminarium magisterskim: - Wiesz czego nam w tej windzie instytutowej brakuje? - Nie, czego? - Muzyki takiej jak mają te windy hotelowe. Wciskasz piątkę i jadąc na organikę z głośnika leci "Im on the highway to hell... highway to hell". ]:D - ... Tak po namyśle to stwierdzam, że jeszcze lepsza

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-82858167720789453582008-05-11T22:15:00.008+02:002008-05-12T00:18:22.312+02:00

And you can't fight the tears that ain't coming Or the moment of truth in your lies When everything seems like the movies Yeah you bleed just to know your alive And I don't want the world to see me Cause I don't think that they'd understand When everything's made to be broken I just want you to know who I am ~Iris by The Goo Goo Dolls Zazdroszczę kotu, że może zwinąć się w kłębek kiedy tylko

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-57990879842126661572008-05-05T19:41:00.007+02:002008-12-09T02:22:44.877+01:00

Bycie cieniem ma swoje uroki. Najszybszemu biegaczowi cień nie ustąpi na krok. Cień jest niestrudzony, nie zna głodu, ni zmęczenia. Zawsze jest w centrum rozmowy przysłuchując się najskrytszym sekretom, a jednak nikt nie zwraca na niego uwagi. Po prostu milczy i obserwuje... Przez ten długi weekend majowy byłem jak taki właśnie cień - milczący i obserwujący. Miałem sporo czasu na refleksje nad

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-38670582252769209112008-05-02T21:46:00.008+02:002008-05-03T14:19:52.247+02:00

W końcu nie wytrzymałem tego warczenia Hildy(wiem, że ciężko sobie to wyobrazić jak kot warczy, ale to najbliższe określenie jakie mi przychodzi do głowy kiedy słyszę odgłosy jakie z siebie wydaje) przy szukaniu sobie kąta po pokoju. Dziś zabrałem ją do weterynarza. Jak się okazało ma krwiak oraz kontuzję u nasady ogona, w związku z czym nie ma nad nim kontroli. Kamień z serca mi spadł jak się

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-27548982468203154782008-04-26T13:04:00.005+02:002008-04-26T20:11:55.980+02:00

Dwa dni temu zostawiłem moją kotkę Hildę na noc na dworze, bo w końcu ileż może siedzieć sama w domu. Chciałem dobrze, ale ... to był błąd. Gdy na drugi dzień otworzyłem drzwi siedziała skulona pod schodami. Początkowo myślałem, że to z zimna, bo noce bywają jeszcze dość chłodne, ale gdy po długim przywoływaniu wreszcie się ruszyła uświadomiłem sobie dlaczego to robi. To jest jeden z powodów

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-13498458473068498152008-04-21T04:29:00.003+02:002008-04-21T04:42:58.669+02:00

Question: With what do I replace sleep? Answer: Drawing dreams that never came...

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-15651015580716842392008-04-16T20:39:00.006+02:002008-12-09T02:22:45.022+01:00

- Jak praca magisterska? - Jakoś idzie do przodu...

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-86495791295227456542008-04-06T12:33:00.015+02:002008-12-09T02:22:45.415+01:00

Ja to mam pecha. Miałem plany na ten weekend, a tu co? Monitor służył mi bez większych problemów przez 6 lat, aż do ubiegłego piątku, kiedy to zrobił "Bzzzyt... Bzzzzyt... Boooom!" i z wielkim hukiem i smrodem palonego bekalitu zabrał piksele w mroczną otchłań kineskopu. Akurat musiało się to stać jak gonią mnie deadline'y. Cholerne prawa Murphy'iego. Zwykły Kowalski pewnie zadzwoniłby do

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-70688598335448710232008-04-02T03:30:00.006+02:002008-04-02T03:42:02.995+02:00

Koniec końców Borys Kossakowski, "Towary Zastępcze" Koniec końców chciałbym być pijakiem, koniec końców chciałbym wódkę pić. Wiem, pijaków karetki nie zbierają, zawsze mówią: na izbę z nim. Lecz jak patrzę na to wszystko – to mi ciężko, odmówić sobie wódki nie ma jak. Żółty szalik i żołądkowa gorzka, gdy koledzy po mnie przyjdą, powiem: tak. Wiem, że mają wódkę z zagranicy, albo Kaliningrad,

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-79463155786814943972008-03-24T16:11:00.003+01:002008-03-25T18:27:03.412+01:00

Ich bin dagegen, denn ihr seid dafür Ich bin dagegen, ich bin nicht so wie ihr Ich bin dagegen, egal, worum es geht Ich bin dagegen, weil ihr nichts davon versteht Ich bin dagegen, ich sag es noch einmal Ich bin dagegen, warum ist doch egal Ich bin dagegen, auch wenn es euch nicht schmeckt Ich nenn es Freiheit, ihr nennt es Mangel an Respekt ~ Rebell, Die Ärzte No i znów mnie dopadło. Nie wiem

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-31383679951036485552008-03-20T15:38:00.030+01:002008-12-09T02:22:46.285+01:00

I have the bad habit to gain skills and then lose them again, because I forgot to make me some notes. Few days ago I stumbled upon Felix's post about SMILES. I couldn't stop myself from commenting it and by the way refreshing my memory. So... before I'll forget once again how to superimpose molecules with OpenBabel I'll write a short tutorial here. All we need are: OpenBabel for Linux Pymol (for

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-42794712617328695202008-03-16T01:02:00.007+01:002008-03-16T01:38:01.929+01:00

W ubiegłym tygodniu miałem nieco więcej czasu dla siebie tak więc wieczory spędzałem na oglądaniu filmów. Jednym z nich był "Sin City". Wielokrotnie przeglądałem ten komiks i miałem w planie kiedyś zobaczyć sobie film, ale jakoś nie nadarzyła się ku temu sposobność. Do ubiegłego tygodnia. Charakterystyczny styl miasta grzechu tak mną zawładnął, że postanowiłem swoich sił w Gimpie(po przeczytaniu

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-24805227065144690752008-03-08T13:44:00.000+01:002008-03-10T18:28:50.463+01:00

Zrobiło się cieplej i mnie wyrwało na wypad rowerem. Jak widać na zdjęciu owo enigmatyczne miejsce w które się wybrałem ma swój urok. Lubię tam jeździć, by oczyścić myśli. Gdzieś schowana w lesie leży ta moja ulubiona polana przy której stoją sypiące się piece wapienne. Same piece nie są tutaj niczym dziwnym - można je spotkać na każdym kroku, nawet w herbie miasta. To miejsce ma dla mnie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-25628037289074358512008-03-02T01:10:00.006+01:002008-03-02T17:33:34.077+01:00

Za oknem chmury poganiane wichrem pędzą przesłaniając gwieździste niebo. W zalanym półmrokiem pokoju leżę wsłuchany w zapodaną przez amaroka melodię szczątek i spoglądając na sufit patrzę jak moje myśli po nim biegną. Postawiłem serwer SSH i skonfigurowałem domowy ruter by przekierowywał port 22 na mojego pingwina. Zaprojektowałem grafikę na materiały konferencyjne. Plakat reklamujący sympozjum

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-5270867510385099112008-02-29T21:36:00.006+01:002008-03-21T23:10:50.180+01:00

Po diabła mi wrażliwość Aldona Borowicz Jakże wtedy wirował mały wszechświat nad asfaltem gdy posłannicy spod znaku niebieskiego krzyża w niebyt odpalali wyhodowane przez siebie super warzywka czasem z nudów grali w pajacyka przy kociej muzyce (chyba nawet poe nie wymyśliłby takiej makabry) a z chmur wypływało na wskroś przemoczone słońce drgały małe planety i coraz mroczniejsze gwiazdy i po

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-14352203883883703422008-02-24T16:39:00.003+01:002008-02-24T17:41:56.847+01:00

Przez ostatnie tygodnie stałem się dość podatny na wszelkiego rodzaju konkursy. Brałem udział w konkursie fotograficznym pt. "Codzienność Uniwersytetu Opolskiego". Oczywiście konkursu nie rozstrzygnięto. Jakoś mnie to nie dziwi, skoro o samym konkursie to dowiedziałem się na tydzień przed zakończeniem (a zawsze wypatruję nowych ogłoszeń). Tak samo dowiedziałem się, że była to druga edycja

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-79629234530688685422008-02-21T05:16:00.005+01:002008-12-09T02:22:46.549+01:00

Lubię matematykę za to, że znajdzie się zawsze jakiś matematyczny model, który potrafi opisać rzeczywistość. Może nie potrafię jak John Nash w filmie "Piękny Umysł" opisać ruchu gołębi zbierających kruszyny modelem matematycznym, ale tak nasuwa mi się inny. Mój wysiłek/pracę laboratoryjną/ilość wypitej kawy w minionym tygodniu opisuje najlepiej równanie drgań w oscylatorze harmonicznym tłumionym.

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-28683436705668718022008-02-17T17:45:00.004+01:002008-02-17T18:13:52.697+01:00

Jakby kogoś to interesowało(i tak wiem, że nie) to nadal żyję... Ostatnio nie piszę notek, bo nie czuję ku temu potrzeby, a przynajmniej nie czułem do teraz. Nie będę się też teraz rozpisywał co ostatnio robiłem, ani co się kryje w otchłani moich mrocznych myśli... W zamian za to podzielę się stroną, która przypadła mi bardzo do gustu, a właściwie mirrorem strony, bo oryginalna (http://

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-21445617446123955682008-02-02T23:04:00.000+01:002008-02-02T23:58:56.148+01:00

DZIEŃ SIÓDMY Wzeszło słońce i zaczęło mnie ogrzewać. Pomyślałem, jak miło byłoby tam zostać, nie ruszać się, nie czuć bólu. Byłem tak blisko, żeby to zrobić... Szczerze wierzyłem, że nie uda mi się tego przejść. Wierzyłem również, że umrę. I spokojnie przyjąłem to do wiadomości. To trochę bez sensu dalej się czołgać, jeżeli nie wierzysz, że ci się uda. To chyba to uczucie samotności, poczucie

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-32742865773157432532008-01-31T21:33:00.002+01:002008-12-09T02:22:46.686+01:00

Wspominałem, że nie znoszę palaczy? Szczególnie irytują mnie tacy, którzy jak są "na głodzie" sięgają po szluga oznajmiając wszem i wobec (mową niewerbalną oczywiście), że mają wszystkich i wszystko w domyśle. Palisz? Ok - twoja sprawa. Nie mam zamiaru nikogo przekonywać do rzucenia palenia, chociaż mógłbym co nieco o skutkach palenia z życiowego doświadczenia opowiedzieć. Wkurza mnie jednak

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-22260726.post-32939436637868214112008-01-30T18:45:00.000+01:002008-01-30T18:54:34.649+01:00

Czasem człowiek by chciał sobie zobaczyć jakiś film, ale po prostu nie ma czasu na to. Dziś znalazłem sobie stronę z 30 sekundowymi streszczeniami pełnometrażowych filmów. Oczywiście są tam też moje ulubione - "Fight Club" i "Marsz pingwinów".

Lightnirhttp://www.blogger.com/profile/16789348893952913132noreply@blogger.com0